Krigen i det tidligere Jugoslavien med store omflytninger af folk og etnisk udrensning har også ændret på befolkningssammensætningen i Kroatien, hvor andelen af kroater er steget med et par procentpoint i forhold til før krigen. Samtidig er andelen af serbere faldet tilsvarende. Serberne er klart det største mindretal. Herud over findes der mindre grupper af bosniakker, slovenere, ungarere, italienere og sigøjnere (romaer) m.fl.

I dele af det grænseområde, der ofte kaldes Krajina, udgjorde serberne tidligere befolkningsflertallet. I forbindelse med krigene i det tidligere Jugoslavien flygtede mange kroater herfra eller blev fordrevet fra serbisk-dominerede områder. I 1995 tog Kroatien alle områder undtagen Østslavonien tilbage. Det førte til, at de fleste af de omkring 200.000 serbere i disse områder flygtede. Mange af de serbere, der valgte at blive, blev chikaneret, overfaldet eller forfulgt på andre måder.

Østslavonien ligger ved grænsen til Serbien og havde en stor serbisk befolkning før krigen. Det blev erobret af serbisk militær i efteråret 1991. Ca. 80.000 kroater blev fordrevet, flygtede eller blev dræbt. Da FN overdrog Østslavonien til Kroatien igen i januar 1998, besluttede mange serbere at flytte derfra.

I starten af 2000-tallet var en del serbiske flygtninge vendt tilbage til Kroatien. Under krigen i Bosnien-Hercegovina (1992-1995), tog Kroatien imod ca. 700.000 flygtninge, først og fremmest etniske kroater. Over 13.500 mennesker er døde eller savnes efter kampe i Kroatien i 1990’erne.

Over 90 procent af indbyggerne taler det sydslaviske sprog kroatisk. I den jugoslaviske periode betragtede man kroatisk og serbisk som ét sprog, serbokroatisk, der i Kroatien og Bosnien blev skrevet med latinske bogstaver og i Serbien med kyrilliske. Siden har man – især i Kroatien – bestræbt sig på at gøre forskellen på sprogene større ved f.eks. nydannelser af ord. Ud over udtalevarianter er der visse grammatiske forskelle, men sprogene er tættere på hinanden end norsk og dansk, og kroater og serbere har ikke vanskeligheder med at forstå hinanden. Film fra nabolandene tekstes heller ikke på kroatisk fjernsyn.